La mission est composée des représentants des ministères chargés de l'agriculture, de l'environnement, de l'équipement, de l'intérieur, de l'industrie, de la mer, de la santé, des transports et de l'urbanisme ainsi que ceux d'autres ministères intéressés par les questions inscrites à l'ordre du jour et, en tant que de besoin, des représentants d'établissements publics de l'Etat. Elle est présidée par le directeur de l'eau.