La Cour des comptes étrille dans son rapport du 11 janvier 2015 la gestion des agences de l’eau notamment sur la sous représentativité des usagers domestiques face à celle des usagers agricoles et industriels

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Conflits d’intérêts

La Cour des comptes voit surtout dans cette organisation la source de nombreux « conflits d'intérêts ». De fait, la démocratie n'y est que de façade : les principaux pollueurs y occupent une large place. Ici ce sont les industriels qui se sont emparés d'un maximum des sièges dévolus aux « usagers », là ce sont des agriculteurs qui accaparent les mandats, soit en tant qu’exploitant, soit en tant que représentant de l'industrie agroalimentaire, pour peu qu'il soit membre d'une coopérative agricole, soit en tant qu'élu local... En outre, comme ce sont les chambres d'agriculture qui désignent ceux qui siégeront aux comités de bassin, c'est le syndicat majoritaire, la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles, qui dispose de fait « d'un quasi-monopole de représentation », souligne le rapport
Les représentants issus de ces comités décident ensuite au sein de commissions d'attribution, de financer un barrage pour l'irrigation, comme sur le fameux site de Sivens, dans le Tarn, ou bien de construire une nouvelle station d'épuration nécessaire au futur Center Parcs de Roybon, dans l'Isère, pour prendre des exemples dans l’actualité.