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Nommé par décret le 17 mai 2012 conseiller à l'égalité et à la diversité auprès du président de la République François Hollande, il démissionne le 3 décembre 2014 après des accusations d'abus de biens sociaux.

Le 10 juin 2014, l’hebdomadaire L'Express révèle que Faouzi Lamdaoui pourrait être entendu dans le cadre d'une enquête préliminaire, pour d’éventuels « recel d'abus de biens sociaux » et « fraude fiscale ».

À la suite d'une perquisition, les enquêteurs se sont interrogés sur les « rémunérations élevées » qu'il aurait perçues et sur une possible dissimulation de ces sommes au fisc français, liés aux sociétés Alpha Distributions et Alpha (devenue Cronoservice), deux SARL inscrites dans la même société de domiciliation parisienne ; la première, liquidée en juin 2010 et radiée du registre du commerce en mars 2012 et la seconde cessant ses activités en juin 2012 et radiée en mars 2014. En 2010 déjà, Alpha Distributions avait été épinglée par la Commission des infractions fiscales pour « dissimulation de recettes imposables ».

Faouzi Lamdaoui démissionne de son poste de conseiller du président le 3 décembre 2014, après avoir été cité à comparaître dans cette affaire d’abus de bien social.

Le 6 octobre 2015, le ministère public requiert une peine de 18 mois d'emprisonnement et 150 000 euros d'amende dans cette affaire. Le 17 novembre, la procédure est finalement annulée, les magistrats accordant l'exception de nullité demandée par la défense.

Une autre affaire l'accusant de « travail dissimulé » et « menaces et intimidations » a été classée sans suite.